top of page

Most Recent Common Ancestor : Orang Indonesia Merupakan Keturunan para Penakluk

Model dalam menyelidiki generasi terdekat sebelumnya yang memiliki individu yang merupakan nenek moyang bersama bagi generasi di masa terkini. Model ini menyederhanakan permasalahan dalam ketiadaan rekam jejak silsilah generasi. (Ditulis oleh HN Rizka, Februari 2022).


"...the recent date of our mitochondrial ancestor is in a sense the really controversial conclusion from these studies. Everyone agrees that we trace our ancestry to Homo erectus, who emerged in Africa and from there colonized most of Eurasia about a million years ago or even earlier. What the mitochondrial data seem to show, however, is that we have a much more recent ancestor, one who lived some 100,000 or 200,000 years ago." -Svante Pääbo

Studi mengenai keturunan merupakan salah satu topik yang banyak dipelajari oleh ahli genetika. Terlebih ketika berbicara mengenai manusia dimana banyak ahli yang percaya bahwa di suatu masa lampau, setiap manusia berasal dari satu "ibu" yang sama. Mungkin pembaca tahu istilah eve atau dalam "hawa". Dalam agama-agama abrahamik, istilah ini merujuk pada wanita pertama sekaligus istri dari Adam. Dalam konteks sains, pelacakan keturunan tertarik pada "ibu mitokondria" dengan kata lain ibu dari semua umat manusia yang dijelaskan melalui DNA.

Mengutip dari Svante Pääbo, temuan sains mengenai ibu mitokondria ini mengubah konsep kepercayaan dari sebelumnya Hawa sebagai ibu umat manusia menjadi pertanyaan "kapan ibu umat manusia terdekat hidup?". Terdekat disini merujuk pada masa lalu terkini dan pemodelan menggunakan data genetik menunjukkan bahwa ibu umat manusia terdekat hidup sekitar 200 000 ~ 100 000 tahun yang lalu di wilayah afrika yang kemudian keturunannya menyebar ke wilayah-wilayah eurasia.

Ide yang ditangkap dari temuan ini bukanlah mengenai pelacakan kembali nenek moyang manusia, tetapi mengenai kemungkinan bahwa terdapat ibu untuk setiap manusia sekarang yang hidup sekitar 100 000 tahun yang lalu. Masa ini tentu cukup dekat dengan saat ini. Konsep ibu bagi semua manusia terdekat inilah yang dikenal dengan istilah most recent common ancestor.


Most Recent Common Ancestor (MRCA)


Untuk lebih memberikan gambaran sedekat apa ibu bersama semua umat manusia sekarang, perhatikan ilustrasi berikut :

Bayangkan suatu populasi konstan sebesar 6. Dengan kata lain untuk setiap generasi dalam populasi ini, jumlah individunya selalu 6. Anggap bahwa perkawinan terjadi secara acak dan kita lakukan pelacakan orang tua tiap individu dalam satu generasi melalui pengacakan dadu.

Dari gambar diatas, 6 titik dibawah yang diberikan angka adalah individu masa sekarang dan 6 titik diatas kita sebut generasi atas_1. Dengan pengacakan dadu, orang tua setiap individu masa sekarang didapatkan sesuai dengan angka pada setiap titik generasi diatas. Terlihat bahwa individu 6 pada generasi atas_1 berhubungan dengan individu 3,4,5, dan 6 pada masa sekarang. Selanjutnya proses diulang beberapa kali untuk menemukan orang tua dari generasi atas_1 dan seterusnya.

Setelah mengulangi proses 2 kali lagi, didapatkan satu individu dengan label E pada satu generasi. Individu ini berhubungan dengan semua individu di masa sekarang. Dengan kata lain individu ini merupakan nenek moyang bersama semua individu masa sekarang. Selain menemukan nenek moyang bersama, kita juga telah menemukan fakta bahwa semua individu di masa sekarang merupakan sepupu jauh satu dengan lainnya.

Ilustrasi diatas memberikan gambaran bahwa untuk menilik hubungan antar individu di masa sekarang tidak perlu melihat terlalu jauh ke masa lalu. Pada contoh diatas, setiap individu masa sekarang memiliki buyut yang sama. Hal ini memanglah oversimplifikasi keadaan sebenarnya di dunia. Namun, salah satu pengalaman penulis cukup meyakinkan penulis bahwa ilustrasi diatas sangat baik untuk memberikan gambaran besar seberapa dekat hubungan kita satu dengan lainnya.

Pengalaman ini adalah ketika masa SMP, ketika penulis dijemput dengan orang tua di sekolah. Karena orang tua penulis merupakan orang yang cukup mudah memulai pembicaraan dengan orang asing, beliau bertemu dengan salah satu guru penulis dan berbincang-bincang hingga ternyata di satu kalimat, beliau sadar bahwa guru penulis merupakan anak dari adik ayahnya. Dengan kata lain, guru penulis adalah sepupu dekat dari orang tua penulis. Ini baru diketahui karena sudah lama sejak orang tua penulis bertemu dengan guru penulis.

Sejak mengingat hal ini, penulis menjadi yakin bahwa model recent common ancestor oleh Joseph T. Chang yang menyederhanakan MRCA sangatlah cocok untuk menggambarkan kedekatan hubungan tiap manusia. Kemudian apa yang membuat model ini dapat mengatakan bahwa setiap orang adalah keturunan bangsawan? Untuk melihat ini kita perlu melanjutkan pelacakan dengan ilustrasi sebelumnya.


Identical Ancestor


Melanjutkan kembali pelacakan orang tua pada ilustrasi populasi konstan 6 individu diatas, hingga didapatkan generasi seperti berikut :

Terlihat bahwa hanya ada dua kategori individu di generasi teratas, individu yang berhubungan dengan setiap individu masa sekarang dan individu yang tidak berhubungan dengan siapapun di masa sekarang. Dengan kata lain, kita dapat melacak sedemikian mencapai masa dimana setiap individu di masa tersebut adalah berhubungan dengan semua manusia sekarang atau tidak berhubungan sama sekali. Selain itu, untuk melacak generasi ini tidak diperlukan pelacakan yang terlalu jauh. Pada ilustrasi diatas, identical ancestor muncul 7 generasi sebelum masa sekarang.

Dalam mencari generasi MRCA, Joseph Chang memberikan formula sebagai berikut :

Formula diatas menyatakan bahwa banyaknya generasi sebelumnya untuk mencapai masa MRCA, Tn, dibagi dengan logaritma (basis 2) jumlah populasi, n, probabilitasnya akan mendekati 1 seiring jumlah populasi mendekati ketakhinggaan. Dengan kata lain, kita dapat mengestimasi generasi MRCA dengan mengambil nilai logaritma jumlah populasi. Seperti contoh pada ilustrasi sebelumnya generasi MRCA diestimasi ada di log2(6) = 2.58 generasi sebelumnya. Hal ini sesuai dengan simulasi dalam ilustrasi yang mana MRCA ditemui pada 3 generasi sebelumnya. Sedangkan untuk mencari generasi identik, diberikan formula berikut :

Formula diatas mengimplikasikan bahwa estimasi untuk banyaknya generasi sebelumnya hingga mencapai generasi identik adalah 1.77 log2(n) = 1.77 Tn. Pada ilustrasi sebelumnya, generasi identik diestimasi sebesar 1.77 x 2.58 = 4.58. Dengan kata lain, pada populasi konstan 6 generasi identik diestimasi berada pada 5 generasi sebelumnya. Ini kurang sesuai dengan simulasi di ilustrasi namun cukup dekat.

Dalam pemodelan ini, seperti yang telah penulis tuliskan sebelumnya, sangat tidak sesuai dengan keadaan dunia sebenarnya. Beberapa masalah dianataranya seperti keacakan perkawinan, tidak adanya isolasi geografis, dan jumlah populasi yang selalu konstan. Namun, sekali lagi ini cukup berguna dalam memberikan gambaran mengenai kedekatan hubungan antar manusia.

Salah satu penerapan yang telah dilakukan dan secara argumentasi cukup meyakinkan adalah keturunan bangsawan Eropa. Dengan formula diatas, didapatkan estimasi identical ancestor untuk setiap orang dengan keturunan Eropa adalah sekitar 1200~1300 tahun yang lalu. Model ini mengestimasi bahwa sekitar tahun 700-800 masehi, setiap orang di Eropa memiliki hubungan dengan individu yang hidup di masa itu. Jika ditilik kembali, di masa tersebut bangsa yang mendominasi Eropa adalah frank dan rajanya adalah Charles atau Charlemagne. Dengan kata lain, setiap orang yang memiliki leluhur Eropa saat ini merupakan keturunan langsung dari Charlemagne. Untuk mempelajari lebih lanjut mengenai simulasi diatas, pembaca dapat menonton video pada kanal youtube numberphile berikut :



Keturunan Penakluk dan Arsitek Hebat


Dengan menggunakan model diatas, kita dapat lakukan hal serupa untuk menilik nenek moyang identik setiap orang di Indonesia. Didapatkan estimasi identical ancestor orang Indonesia adalah sekitar tahun 750 ~ 850. Pada masa ini terdapat beberapa kerajaan besar yang masih saling bertempur diantaranya adalah kerajaan Sriwijaya di wilayah Sumatera dan Mataram kuno di Jawa. Kedua kerajaan tersebut runtuh dan nantinya muncul Majapahit yang menguasai hampir seluruh wilayah Nusantara. Artinya dapat disimpulkan, hampir seluruh orang Indonesia merupakan keturuan langsung bangsawan kerajaan Mataram kuno atau bangsawan kerajaan Sriwijaya. Beberapa Pengeculian adalah seperti wilayah Sunda yang hingga masa Kerajaan Majapahit, Gajah Mada masih membiarkannya menjadi kerajaan independen.

Dari penerapan diatas, memiliki kesamaan warna kulit dan tinggal di wilayah Nusantara, orang-orang Indonesia saat ini merupakan keturunan langsung dari : orang-orang yang membangun candi Borobudur dan Prambanan, orang yang menaklukkan semenanjung Malaka, orang-orang yang menghentikan ekspansi Mongolia ke Indonesia, dan orang-orang yang pertama kali memerintah seluruh wilayah Nusantara. Tentu ini menggambarkan seberapa hebat dan gigihnya orang Indonesia hingga telah terprogram di DNA setiap orang Indonesia semenjak dahulu. Tidak heran jika menilik kembali masa perjuangan kemerdekaan, gerilya di hutan walaupun sedang sakit hingga sekarat dan hanya menggunakan senjata seadanya masih dilakukan nenek moyang orang-orang Indonesia.


16 views0 comments

Recent Posts

See All

Analisis Data Kategorik

Dalam penanganan data kategorik, diperlukan metode khusus dan dalam salah satu seri buku terkenal oleh Alan Agresti, metode-metode dalam men

Regularisasi

Metode dalam menangani overfitting model pada machine learning.

Analisis Diskriminan

Metode dalam menganalisis data dengan label/kategori dan melakukan klasifikasi berdasarkan fitur/variabel numerik.

Comments


bottom of page